Le Comité de Direction réalise des missions bien précises, définies dans le Règlement Intérieur. Son effectif minimum est de 5 membres, et son effectif maximum 20. L'idée de créer un tel organe est de faciliter la prise de décision, en se limitant à la présence d'un représentant par filière concurrentielle.
Sa composition est la suivante:
✔️Un membre représentant de chaque filière
✔️Un membre du Conseil d'administration
✔️Un membre de la Direction générale
✔️Le secrétaire du GIE
✔️Le trésorier du GIE